El primer Congreso de CCOO de Andalucía se celebró en Sevilla durante los días 21 y 22 de mayo de 1978, en él fue elegido Eduardo Saborido secretario general. Los estatutos de CCOO de Andalucía (12 congreso 2017) al Congreso como el máximo órgano de deliberación y de decisión. El Congreso está compuesto por el Secretario o Secretaria General, la Comisión Ejecutiva y, a partes iguales, por representantes de las federaciones andaluzas y de las uniones provinciales. El congreso ordinario se convoca cada cuatro años. Al primer congreso de 1978 asistieron 330 delegados. Hasta la actualidad ha habido 12 congresos, este último celebrado en Sevilla entre el 31 de mayo y 2 de junio de 2017.
La Comisión Ejecutiva es el órgano de dirección de CCOO-A que lleva a la práctica las decisiones y directrices adoptadas por el Congreso y el Consejo. Es el Congreso el que fija su número y elige a sus componentes a propuesta de la comisión de candidaturas y de conformidad con el reglamento del propio Congreso. La Comisión Ejecutiva funciona colegiadamente convocada por el Secretario o Secretaria General o cuando lo solicite una tercera parte de sus componentes. La primera Comisión Ejecutiva elegida (1978) estuvo formada por 24 hombres y 1 mujer.